因為衛生間並非潔淨之地，所以不適宜放在吉位上，如生氣位、文昌為等，否則會導致破財，事業走下坡路。必須將其放在絕命位、禍害位、六煞位上，這樣可以相互壓制，取以毒攻之效，化凶為吉。
衛生間風水中最理想的方位應該是正東與東南方。因為這兩個方位皆屬木，而衛生間主水，水能生木，衛生間的水汽能夠生旺正東與東南部的五行木氣。
同時，正東和東南兩個方向是住宅採光較好的方向，充足的陽光有助於保持衛生間的乾燥，防止各種病菌滋生。
衛生間不宜設在南方，因為南方的火氣較重，在八卦裡屬火，容易形成水火不容的格局，房主會是非不斷，易於捲入法律訴訟。
衛生間也不宜設在西南方，因為這個方向屬土，衛生間強大的水能會造成土克水的格局。若衛生間設在此，則家中人的心臟和眼睛容易出現問題，女主人身體較弱。
衛生間設在西北角也是不好的，因為西北方在風水中是天門，象徵父親，如果將衛生間設在西北方，有汙穢天門之嫌，令家中男主人健康、名聲受損。
衛生間設在東北方也不吉，水能會破壞此方位原本的土能，家中男主人易得腰部和腎臟疾病，家中女主人易得婦科病。
而從風水角度講，此方位被稱為“後鬼門”，將衛生間設在次方位上，則家中夫妻感情不和，會有第三者介入，對子孫也極為不利。
衛生間也不宜開在房屋的中心位置，因為房子的中心點相當於人的心臟位置，如果拿來做最汙穢的地點，影響住者的事業和財運。
而且根據“後天八卦”方位來論，中央位置五行屬土，若將屬水的衛生間設在屬土的中央位置，會發生土克水的嚴重克相，財運不濟。