從定義上來說，保健酒首先是一種食品飲料酒，具有食品的基本特徵；而藥酒則以藥物為主，具有藥物的基本特徵。
從特點上來說，保健酒以滋補、強壯、補充、調節、改善為主要目的，還用於生理功能減弱、生理功能紊亂及特殊生理需要或營養需要者，以此來補充人的營養物質及功能性成分，它的效果是潛移默化的；而藥酒則是以治病救人為目的，用於病人的康復和治療其病理狀態。
從飲用物件來說，保健酒適於健康人群、有特殊需要之健康人群、中間狀態人群（介於健康與疾病之間）（此處的人群指成年人）飲用；而藥酒則僅限於患有疾病的人群飲用，它是大夫開的一劑方藥，它有明確的適應徵、禁忌徵、限量、限期，必須在醫生監督下飲用。
從風味上來說，保健酒講究色、香、味，注重藥香、酒香的協調；而藥酒則不必做到藥香、酒香的協調，俗話說“良藥苦口利於病”。
從原料組成來說，保健酒中的原料首選傳統食物、食藥兩用之藥材，且中藥材、飲片必須經食品加工，功能強烈、有毒性者則不可用；而藥酒中的原料首選安全、有效的中藥，以滋補藥為主，可適當配合其他中藥（清、溫、消、補、下、和等類中藥），以藥物為主。