枸杞子的副作用有以下幾點：
1外邪實熱：即機體感受六淫邪氣，出現身體發熱的情況，一般就是所說的感冒發燒，對於感冒發熱以及身體有炎症者不宜食用太多，特別是胰腺炎患者，如果食用會對加重感冒發熱程度或是加劇炎症的症狀。
2滋補過剩：枸杞子的滋補作用並不適合所有人服用，枸杞子是大補的食品，可以再很多藥膳當中都會見到枸杞的身影，還有就是很多人泡藥酒，也喜歡放一些枸杞，讓藥酒的功效大大增加。但是枸杞雖然具有很好的滋補和治療作用，但也不是所有的人都適合服用的，由於枸杞溫熱身體的效果相當強，患有高血壓、性情太過急躁的人，或平日大量攝取肉類導致面泛紅光的人最好不要食用。由於它溫熱身體的效果相當強，當溫熱作用過強，對虛寒人而言，如果服用了枸杞子會有滑脫洩瀉的危險性存在,有內熱未清的患者慎用，腹瀉的人最好別吃。最適合吃枸杞的是體質虛弱、抵抗力差的人。
3不易消化：枸杞子雖有補肝益腎之功，但對於甘甜滋潤的藥物通常不易消化，若是繼續選擇使用很有可能會導致消化不良，因此脾胃虛者不宜食用。
4對眼部有影響：有的人枸杞子吃太多造成眼睛紅紅脹脹不舒服，視力模糊等不適感，其中可能是因為其溫熱的作用過強，影響眼部神經從未引起眼部不適感，從健康飲食的角度考慮，這類人也不宜食用。