有經驗的養殖者不會消極的等待魚病發生，而是主動採取積極有效的措施進行預防。在養殖中，應遵循“無病先防、有病早治、防重於治”的原則，注意改善養殖水體環境，以消除病源，切斷傳播途徑，提高魚體抗病力。
1、魚池、缸體消毒：要定期進行清洗和消毒。消毒可用2ppm的高錳酸鉀溶液浸泡魚缸或魚池5分鐘左右，然後用清水洗淨，並用清水長時間浸泡後才能使用。
2、水體消毒：不管是水族箱還是魚池的水體，經過一段時間飼養錦鯉後，都會積累很多的有機物及懸浮顆粒，造成水質的惡化，病原體增加。因此，必須對水體地行定期消毒，特別是在魚病流行季節。現普遍使用的殺菌消毒劑為漂白粉(1ppm)、殺蟲劑為敵百蟲(0.2ppm)。
3、魚體消毒：新購入的錦鯉可能會帶有一些細菌和寄生蟲，如不及時除去，會傳染給其他健康的魚。因此，新魚要經過藥浴隔離後才能放入養殖水體中，具體方法是：用5%的食鹽水進行藥浴5~10分鐘。藥浴時，要隨時注意觀察錦鯉的狀態。如有浮頭、呼吸困難、窒息、失去平衡、休克等現象，應立即停止藥浴，將魚放回池水中。
4、工具消毒：凡是養魚使用的工具，如抄網、水瓢、過濾器等都需要定期清洗、消毒、晾晒。最簡單的方法是用開水燙一下，或在日光下曝晒。不宜採用高溫或曝晒消毒的器具，可以使用魚缸消毒的方法進行浸泡消毒。
5、餌料衛生：鮮活餌料要反覆沖洗，洗去雜質，保證新鮮，如有必要則進行冷凍處理，人工餌料要放置乾燥通風處儲存，以防發黴變質。
6、切斷傳染途徑：發現患有傳染病的錦鯉要及時撈出，單獨治療，避免大規模的傳染，原池也要進行消毒。病魚使用過的工具均不可給健康魚使用，以避免交叉感染。另外飼養密度過大，水質混濁，錦鯉也容易生病。