醫用口罩和外科口罩區別主要在顆粒過濾效率的效率上。醫用口罩通常指一次性醫用口罩或醫用護理口罩，一般採用YY/T0969-2013的生產標準，而外科口罩全稱為醫用外科口罩，採用了YY0469-2011的生產標準。外科口罩在顆粒過濾效率上相對醫用口罩的標準更為嚴格，防護等級更高。
醫用外科口罩生產標準
醫用外科口罩是適用於臨床醫務人員在有創操作等過程中佩戴的一次性口罩，其細菌過濾效率應不小於95%，而顆粒過濾效率應不低於30%。對應的生產標準為YY0469-2011。
一次性醫用口罩生產標準
普通的一次性醫用口罩適用於普通醫療環境中佩戴，用於阻隔口腔和鼻腔撥出或噴出汙染物，其對於細菌的過濾效率同樣規定了不小於95%，但對於顆粒過濾效率未做要求，標準相對醫用外科口罩較低。對應的生產標準為YY/T0969-2013。
綜合以上生產標準可知醫用口罩和外科口罩區別主要在顆粒過濾效率上，如果有兩種口罩可以選擇，優先選擇醫用外科口罩或者N95，但如果買不到這兩種，使用一次性醫用口罩也是具備一定防護效果的。