外科口罩和醫用口罩的區別在於兩者採用了不同的生產標準，外科口罩全稱為醫用外科口罩，採用了YY0469-2011的生產標準，而醫用口罩通常指一次性醫用口罩或醫用護理口罩，一般採用YY/T0969-2013的生產標準，外科口罩相對醫用口罩的標準更為嚴格，在顆粒過濾效率上的等級更高。
醫用外科口罩生產標準
醫用外科口罩是適用於臨床醫務人員在有創操作等過程中佩戴的一次性口罩，其細菌過濾效率應不小於95%，而顆粒過濾效率應不低於30%。對應的生產標準為YY0469-2011。
一次性醫用口罩生產標準
普通的一次性醫用口罩適用於普通醫療環境中佩戴，用於阻隔口腔和鼻腔撥出或噴出汙染物，其對於細菌的過濾效率同樣規定了不小於95%，但對於顆粒過濾效率未做要求，標準相對醫用外科口罩較低。對應的生產標準為YY/T0969-2013。
綜合以上生產標準可知外科口罩和醫用口罩的區別主要在顆粒過濾效率上，在預防飛沫傳播上，更推薦使用N95或者醫用外科口罩，但如果買不到這兩種，使用一次性醫用口罩也是具備一定防護效果的。