夏季同時使用空調時，會損耗室內冷氣；好點的新風系統價格比較高；需要經常更換濾網和機芯。新風系統的缺點具體如下：
1、損耗室內冷(熱)量
新風系統通過不斷排氣送風來清潔室內空調，夏季同時使用空調時，會對室內冷氣造成一定損耗，冬季亦然。不過全熱交換器(新風系統的一種)可以減少室內能量損耗，非常節能。
2、費用較高
新風系統的價格與多個因素有關，價格便宜的效能差、耗能多、舒適度不夠。而好點的新風系統，費用投入比較多。
3、需要定期更換過濾網
新風系統如果不及時清理過濾網，很可能成為室內的汙染源，所以需要經常對新風系統或新風器的濾網和機芯進行更換。通常2~3個月更換一次，空氣質量不好時，可以一個月更換一次。