肯亞北鄰阿拉比卡咖啡樹的原產地衣索匹亞，但遲至二十世紀初交，才開始從事咖啡栽培業，十九世紀傳教士從葉門引進阿拉比卡樹，但未大量栽種，直到一八九三年，又引進巴西古老的波旁咖啡種籽，才大規模栽培咖啡，也就是說，肯亞咖啡帶有巴西血統，由於水士、氣候和處理方式回異，肯亞豆風味和巴西豆截然不同。 巴西咖啡的栽種海拔低，質地較軟，果酸味不明顯。反觀肯亞咖啡樹主要集中在肯亞山附近的坡地，海拔約四千英尺至六千五百英尺，此高度適合咖啡豆發展風味，因為山區溫度較低，成長較慢，咖啡豆的芳香成分得到充分發展，果酸味更為明顯，質地也較硬。另外，肯亞早期是英國殖民地，英國人已建立一套完善的栽培、品管制度。肯亞獨立後，咖啡業在既有基礎上。
肯亞的咖啡農莊有兩個型別，一種是佔地五英畝以上的大型栽植場，不過海拔平均較低，就肯亞咖啡而言，大農莊的咖啡豆品質只能算中等。極品肯亞豆則產自小型農莊，多半位於五、六千英尺以上的山麓或火山坡地，每戶小農每季產能只有二十至七十袋左右，無力投資昂貴的水洗處理廠，但小農很團結，集合數百戶或數千戶成立合作農場，由政府出資興建水洗處理廠，小農採摘的咖啡果子就送往合作農場，統一加工，先剔除半生不熟或爛掉的果子，再進行去皮、發酵、分解果肉，取出咖啡豆，再幹燥和磨光，整個過程由官方的咖啡管理局督導，相當嚴謹，確保了肯亞咖啡的品質。肯亞豆的水洗加工技術及高標準品管，一直是產豆國表率。