肉豆蔻腸胃虛寒氣滯，虛瀉冷痢，脘腹冷痛，嘔吐，以及腸滑不固，積食不化等症。
(1)用於虛瀉、冷痢，如慢性結腸炎、小腸營養不良、腸結核等。偏於腎陽虛弱者，配補骨脂、五味子等，方如四神丸(見補骨脂的功效與作用項下);偏於脾陽虛弱者，配黨蔘的功效與作用、白朮、茯苓的功效與作用、大棗的功效與作用的功效與作用;脾腎俱虛者用養髒湯，此方治脫肛亦好。
(2)用於健胃，對有脾胃虛寒、食慾不振、鼓腸、腹脹、腸鳴腹痛者較適宜，又能止嘔，治小兒傷食吐乳和消化不良。配香附的功效與作用、神曲、麥芽、砂仁、陳皮的功效與作用等。
注：
(1)過去商品中有一種帶有種皮的玉果，稱“長殼玉果”。長橢圓形，長4~5釐米，中部直徑2.5釐米左右，兩端略細而鈍圓，種皮硬脆，褐色，內種仁橢圓形，棕色，香氣弱，味辣。質次。主產於印尼的西伊裡安。
(2)玉果花為肉豆蔻種仁外的假種皮。長4釐米左右，厚約1毫米，下部連合，上部裂成數瓣，橙紅色，如臘制花朵故習稱玉果花。商品多已壓扁，易破碎，氣芳香，有驅風、興奮等功效。