藍尾水巨蜥是群居的動物，溫暖潮溼的居所，它們可以在任何有水的地方生存。它們是一種機會主義食肉動物，食物包括蛋、鳥類、軟體動物、齧齒動物、昆蟲、螃蟹、小型蜥蜴、魚類和腐屍。藍尾水巨蜥泳技一流(甚至可穿越浩翰的海洋)，廣泛的食性以及多產的習性導致其廣泛的分佈和許多地區大的種群數量。如果它們不受干擾，它們可以和人類和睦共存，而且可以成為廢物消費者，即使在捕獵地區它們仍然能夠維持高的密集度。成年藍尾巨蜥雌性不易分辨，缺乏明顯的兩態性，只有部分小島上的雄性藍尾巨蜥被報道體型是雌性的兩到三倍。 雄性會為了爭鬥配偶而爭鬥，交配時雄性會在騎到雌性背上之後用下巴摩擦雌性的頭部和身體前端。交配時雄性和雌性可能會進行360度旋轉，雄性一直保持上位。交配後，雌性會產下2至12枚卵，卵的長度約為3.5-5釐米。卵呈橢圓形，七至八個月後幼年藍尾巨蜥就會孵出,現已有成功的人工繁殖記錄。