刺尾巨蜥是一個體型中等大小的巨蜥，總長度在60-70釐米。頭部以暗褐為底色，並布有黃色或乳白色斑點，可延伸至頸部而形成接續的直紋。暗褐色背部佈滿由無數的小到中型淺棕色和黃色的眼狀斑點，在眼狀斑紋的中央位置上，覆有1～2枚暗褐色鱗片。背部的綱目上，帶有黃色或乳白色斑點。鼻孔渾圓，位於眼睛至吻部間之中央，開口朝向側方。尾部的鱗片具有棘狀突起。具附肢2對，具外耳孔，鼓膜位於表面，眼具活動的眼瞼和瞬膜(第3眼瞼)。舌發達，扁平而富肌肉。下頜骨左右兩半靠骨縫牢固相聯，口的張大有限。體內有前肢帶和胸骨，腎臟後伸，甚至超過洩殖肛腔的水平，兩側對稱排列。全身都有佈滿了較小而突起的圓粒狀鱗，成體背面鱗片黑色，部分鱗片雜有淡黃色斑，腹面淡黃或灰白色，散有少數黑點，鱗片為長方形，呈橫排。幼體背面黑色，腹面黃白色，兩側有黑白相間的環紋。四肢粗壯，指(趾)上具有銳利的爪。尾側扁如帶狀，很像一把長劍，尾背鱗片排成二行矮嵴，有肛門前窩一對。