紫竹院一帶，昔日曾有多處優美景觀。曾是高梁河的發源地，是燕京的重要水源之一。金代大定二十七年(1159年)以後，以往上游開挖河道，增闢水源，此地就成了一個蓄水湖。流經園內的南長河，是元代修建的通惠河上游河道，在高梁河上游築人工河(即今長河)，蓄引玉泉山水為湖;廣源閘則是通惠河上游的頭閘。明代，為使帝后龍舟不受廣源閘所阻直駛西郊，就在南長河的南岸開鑿一條河汊子，以利大船往來，紫竹院園址就是當時繞行御舟的河汊子“別港”。
明代萬曆五年(1577)，在湖北岸興建紫竹院廟宇，為萬壽寺的下院。清代這一帶設有行宮和碼頭，皇室人員乘船去頤和園經過這裡。清乾隆年間在此仿修具有江南水鄉風光的蘆花渡，俗名“小蘇州蘆花蕩”，還將南岸明代所修萬壽寺下院，更名為“紫竹禪院”。 另在寺西側修行宮，原有匾為“福廕紫竹院”。紫竹院由此得名。光緒年間重修。1900年遭“八國聯軍”洗劫，辛亥革命後上述景觀基本荒廢。新中國成立後進行全面整修，1953年3月至7月完成挖湖堆山、修閘和築環湖路工程，1954年完成公園綠化及公共設施建設，並對外開放，定名紫竹院公園。此後，開闢第二水源 “雙紫渠”，再度深挖紫竹湖和逐步興建新景觀，至1987年“筠石苑”等景區建成，始成現有格局。