利用主機右側的開關開啟電源，用箱體溫度設定按鈕將切片機溫度設定到切片所需溫度，當設定溫度時溫度顯示視窗顯示設定溫度，設定停止5秒後顯示實際溫度。只要按下箱體溫度設定按鈕，即可隨時檢查設定溫度。樣品頭溫度設定按同樣方法進行。
切片時將樣品放到樣品託上，利用包埋劑固定，放到冷臺上冷凍，在即將完全冷透前用熱交換裝置壓平。將冷卻透的樣品放到樣品頭上，設定樣品頭溫度，用樣品快進按鈕將樣品移近刀口，調整要切的平面，利用慢進按鈕開始修片，修好後即可放下防卷板切片，如有需要可調節防卷板的上下位置，使切出的樣品平整的進入防卷板與刀片的狹縫，取出後染色觀察。
當停機時，應將玻璃窗開啟，再次開機前應先檢查切片機內是否有水，如有應吹乾後再開機，並取出隔板檢查切片機箱體底部是否有水，如有需拔開底部的塞子，將水排除，吹乾後再開機。禁止隨意亂接亂拉電線，防止水濺到電源上。