申請保障性住房不受收入和資產限制，價格高於經濟適用房，經濟適用房受到收入與資產的限制；保障性住房的申請物件是非低收入無住房家庭，經濟適用房的申請物件是低收入住房困難家庭；兩者的價格組成也不同。兩者區別具體如下：
1、申請保障性商品房不受收入和資產限制，經濟適用房受到收入與資產的限制。
2、保障性商品房售價中包含基準地價，價格高於經濟適用房，轉讓時經濟適用房原購買價格與相應地段社會保障性住房上市交易指導價差價的90%向政府繳交增值收益，而保障性商品房僅需向政府繳交60%的增值收益。
3、經濟適用住房的申請物件是低收入住房困難家庭，保障性商品房的申請物件是非低收入無住房家庭。
4、申請經濟適用住房的家庭應申報收入和資產，並應符合家庭收入和資產控制標準。經濟適用住房和保障性商品房的價格組成不同，即對低收入家庭和非低收入家庭實行不同的銷售價格。