中藥材胡黃連與黃連，均為大苦大寒純陰之品，共具清熱，瀉火，燥溼，涼血之效。然不同之處，以《本草正義》言惟其質重色黑，沉降性尤其速，故清導下焦溼熱，其力愈專，其效較川黃連為捷。
熱痢脫肛，痔漏瘡瘍，血痢，血淋，溲血，瀉血及梅毒疳瘡等證，溼火結聚，非此不能直達病所，而小兒疳積膨脹之實證，亦可用之。蓋苦降直墜，導熱下趨，最為迅疾，且不致久留中州，妨礙脾胃沖和之氣耳。除此，黃連退蒸消疳功效不顯著，而胡黃連瀉心火，解毒之力也不及黃連。
西藏胡黃連，根莖圓柱形，略彎曲，偶有分枝，長3-12cm，直徑2-14mm。表面灰棕以至暗棕色，有突起的芽痕及圓形根痕或細根殘基，較粗者具緊密橫皺紋，上端密被暗棕色鱗片狀的葉柄殘基。體輕，質硬而脆，易折斷，斷面淡棕色或暗棕色，有4-10個白色狀維管束，排列成環。氣微，味極苦。 以條粗、質脆、苦味濃者為佳。
胡黃連，根莖圓柱形，平直或彎曲，多不分枝，市售品多為小段，長2-9cm，直徑3-8mm。表面灰黃色至黃棕色，有光澤，粗糙，具縱皺及橫環紋，栓皮脫落處呈褐色;上端有殘留的葉跡，密集呈鱗片狀，暗紅棕色，或脫落後呈半圓狀的節痕。根痕圓點狀，近節處較多。質硬而脆，易折斷，折斷時有粉塵;斷面可見維管束小點4-7個，排列成環。氣微，味極苦而持久。 以條粗、折斷時有粉塵、斷面灰黑色、味苦者為佳。